西秦戏，是明代西秦腔（即琴腔、甘肃调）流入海丰后，与地方民间艺术结合，至清初逐渐游离于本腔（西秦腔）而自立门户，形成为别具风格与特色的地方戏曲西秦戏——乱弹系统中的一个剧种。

由于西秦戏是一种古老稀有的剧种，因此，学术界关于西秦戏源流的研究非常薄弱。最早关注西秦戏源流的学者，是萧遥天先生。1957年，他将个人在1947年编写的西秦戏资料原稿加以整理，出版了《民间戏剧丛考》一书。他在书中提出了“西秦戏，本是秦腔”的观点，但是没有展开具体的论证。西秦戏的艺人也多持有这种观点。

尔后不久，文化部门组织了相关团体对西秦戏的源流进行探讨。1959年，陕西省秦腔剧团到广州演出，并与海丰西秦戏剧团进行了艺术交流。1960年，广东省文化厅又派了10名西秦戏剧团的演员到陕西省秦腔剧团交流学习。两次的交流中，双方都曾对两个剧种的渊源关系做了专场的观摩和讨论。当时的讨论结果认为：两个剧种只是在艺术形式上有些相似，音乐关系“差得很远”，“至于有什么血缘关系，很难下结论”。同时，陕西的老艺人指出了西秦戏另一条可能的出处：“西秦戏的正线听起来与陕西的汉二黄似乎有较多的相似之处。”

直到1988年，在一次粤东戏曲的考察活动后，关于西秦戏源流的研究才有了进一步的进展。这次探讨过后，对西秦戏的看法变成了：“西秦戏声腔主要是正线，其中又以‘二番’使用最多，应是西秦戏传入广东的本腔。尽管其曲调复杂，却与陕西的秦腔没有多少相同之处。因而西秦戏的源流不必挂到现在陕西的秦腔。”

这次的探讨否认了关于西秦戏源流的一个调查方向，同时也引发了研究者们的更多猜想。西秦戏已故名老生曾月初生前曾说：“世代相传我们的老祖宗是从陕甘带着正线、西皮一起来的。”这样看来，“西皮腔”也是“甘肃调”演化过来的。关于西秦戏源流的研究陷入了困惑。

2005年7、8月间，台湾专家刘世发和严立模先后来访，与西秦戏有关人员会晤，互听互看了彼此的《送京娘》（北管戏VCD）和西秦戏的《仁贵回窑》、《刘锡训子》（西秦戏录像），发现两剧种惊人相似，认为北管戏的二黄腔就是西秦戏的正线腔——早期老二黄。

如今，关于西秦戏确切的源流仍然扑朔迷离。